西元2199年，來自太陽系外的敵人加米拉斯帝國，為了挽救母星的危亡，開始侵略其他星球。地球軍在與加米拉斯帝國軍的交戰(zhàn)中慘敗，同時加米拉斯帝國軍向地球發(fā)射大量含有放射能的游星炸彈。地球的抵抗力量越來越弱。本與加米拉斯為雙子星球的伊斯坎達爾星球仗義相助，向地球發(fā)送了波動引擎和波動炮的設(shè)計圖紙，并告知地球軍本星球擁有清除放射能的設(shè)備“宇宙清洗器D”。在與歐洲、美洲失去聯(lián)系的情況下，地球防衛(wèi)軍利用伊斯坎達爾星球提供的技術(shù)將沉睡于海底的大和號改造為宇宙戰(zhàn)艦。大和號全體乘員踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。