千年一次的彗星之夜里，愿望將會(huì)實(shí)現(xiàn)……
　　立志成為出色的神奇寶貝訓(xùn)練師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現(xiàn)的剎那，來(lái)到恩斯游樂場(chǎng)，并認(rèn)識(shí)魔術(shù)師巴特勒與戴安。在魔術(shù)表演中，小勝聽到一陣細(xì)微的呼喚聲…
　　那是在〝沉眠之繭〞中沉睡了千年，可幫助人類達(dá)成愿望的神奇寶貝——基拉祈。在千年彗星出現(xiàn)的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的伙伴便會(huì)蘇醒。為了讓基拉祈醒來(lái)，巴特勒請(qǐng)小勝當(dāng)基拉祈的伙伴，果然，基拉祈從萬(wàn)花鏡般的光芒中蘇醒過來(lái)。
　　雖然基拉祈只能停留短暫的七日就會(huì)再消失，但是頭一次擁有屬于自己的神奇寶貝的小勝，對(duì)基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術(shù)師巴特勒，因?yàn)橹阑砭哂猩衿娴牧α?，便把基拉祈給搶走，并且想利用他來(lái)完成愿望。
　　不懷好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會(huì)面臨怎樣的生離死別呢？