在地勢險峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇寶貝凱爾迪奧（中川翔子 配音）追隨傳說中的圣劍士克巴路歐（山寺宏一 配音）、泰利奇歐（安元洋貴 配音）、比利基恩（本田貴子 配音）修行，朝著圣劍士的目標(biāo)持續(xù)努力。自不量力的凱爾迪奧不聽三位老師的忠告，貿(mào)然向龍系最強的神奇寶貝酋雷姆（高橋克實 飾）發(fā)起挑戰(zhàn)。及至交手時才發(fā)現(xiàn)自己遠(yuǎn)遠(yuǎn)不是酋雷姆的對手。關(guān)鍵時刻，三位圣劍士出現(xiàn)，為拯救弟子而甘愿犧牲自己。傷痕累累的凱爾迪奧落荒而逃，恰巧遇見正在修業(yè)旅行中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宮野真守 配音）和艾莉絲（悠木碧 配音）一行，而憤怒的酋雷姆也尾隨而至。新的戰(zhàn)斗意外拉開序幕……
　　本片為小學(xué)館創(chuàng)立90周年的紀(jì)念之作。