2000年血腥除夕夜，賢知（唐澤壽明 飾）一派拼盡全力阻撓“朋友”的人類滅絕計(jì)劃，但他們的反抗以失敗告終。是夜過后，賢知一派被誣為屠殺人類的恐怖分子，而“朋友”則堂而皇之成為了救世主，為萬眾膜拜和敬仰。
　　2015年，賢知的甥女遠(yuǎn)藤神乃（平愛梨 飾）已成長(zhǎng)為特立獨(dú)行的青春女孩，她十分反感教科書對(duì)舅舅的污蔑，經(jīng)常和老師發(fā)生爭(zhēng)論。最終，校方?jīng)Q定將她和另一位曾對(duì)血腥除夕夜提出質(zhì)疑的女孩小泉響子（木南晴夏 飾）送入“朋友樂園”。與此同時(shí)，曾在“朋友樂園”接受改造的異裝癖男子偶然得知“朋友”的秘密，被警方殺害。目睹這一幕的神乃決定進(jìn)入“朋友樂園”一探究竟。
　　另一方面，新的萬國(guó)博覽會(huì)將在日本召開，羅馬教宗亦會(huì)在此時(shí)造訪日本。被關(guān)在螢火蟲集中營(yíng)的阿區(qū)（豐川悅司 飾）越獄而出，賢知一派幸存的同志們紛紛聚首。在這個(gè)暗潮洶涌的時(shí)刻，人類的命運(yùn)將再次改寫……
　　本片根據(jù)浦澤直樹同名漫畫改編。
　?。ㄓ捌?jiǎn)介中涉及的人名均以原著漫畫中文版翻譯為準(zhǔn)）