照常進(jìn)行修業(yè)之旅的小智（松本梨香 配音）、小剛（上田祐司 配音）、小霞（飯塚雅弓 配音）一行輾轉(zhuǎn)來(lái)到水之都奧多馬雷參加緊張刺激的水上競(jìng)賽。奧多馬雷流傳著一個(gè)精彩的傳說(shuō)，在很久很久以前，島上的老夫婦撿到一對(duì)孤兒兄妹，當(dāng)邪魔出現(xiàn)時(shí)，兩兄妹化作威力強(qiáng)大的神奇寶貝拉帝歐斯和拉帝亞斯，他們擊敗邪魔，并賜予奧多馬雷人民名為“心靈水滴”的寶石作為守護(hù)。時(shí)至今日，神圣的心靈之滴卻引起一對(duì)盜賊姐妹（釋由美子 配音）的垂涎。她們?cè)谧粉櫭妹美蹃喫梗ㄕ垠腋幻雷?配音）時(shí)遭遇小智并受挫，貪欲將帶給水都史無(wú)前例的災(zāi)難……
　　本片為神奇寶貝系列第五部電影劇場(chǎng)版。