在電影開始開篇，場景好像被設(shè)置在一片大森林中。在森林內(nèi), 一聲強(qiáng)力的呼救被一個(gè)叫Yukinari的男孩聽到了。Yukinari是一個(gè)在殘酷社會(huì)中比較天真的男孩，但這次經(jīng)歷對(duì)他來說是可能使他終身受益。
　　當(dāng)他進(jìn)入森林的時(shí)候,他遇見一個(gè)叫Mika的少女。Mika大概是森林的監(jiān)護(hù)人, 而且與 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人給這里帶來了麻煩，Yukinari將幫助Mika擺脫這些伐木者。這時(shí)Mika向Yukinari解釋了森林現(xiàn)在存在的危險(xiǎn)，以及他們必須在有限的時(shí)間內(nèi)尋找她所需要的某個(gè)答案。突然，雪比拉出現(xiàn)了，將他們帶入了40年后的時(shí)代。
　　在那里，他們遇見了我們的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari還有某種血緣關(guān)系。與此同時(shí)，火箭隊(duì)的成員之一Bisashu也在積極的尋找著雪比拉。這個(gè)男人帶著一個(gè)金屬頭盔站在黑色的懸崖一角露出一種怪異的眼神。
　　Ash and Yukinari開始主動(dòng)的與Bisashu戰(zhàn)斗，來保護(hù)雪拉比。突然，神秘的口袋怪獸Suicune出現(xiàn)了。據(jù)說這只神奇的妖怪具有可怕的能力......