1992年，一架飛碟突然出現(xiàn)日本上空。飛碟走下三名自稱時(shí)來(lái)自23世紀(jì)地球聯(lián)邦機(jī)構(gòu)的官員，他們要求直接與日本首腦對(duì)話，敦促日本盡快消滅哥斯拉，防止重蹈未來(lái)亡國(guó)的命運(yùn)。
　　專事研究各種神秘事件的寺澤健一郎（豐原功補(bǔ) 飾）在未來(lái)寫(xiě)過(guò)《哥斯拉誕生》一書(shū)，其中披露了這只恐怖怪獸誕生的秘密。根據(jù)這本書(shū)的記載，未來(lái)人提出要健一郎、曾在太平洋戰(zhàn)爭(zhēng)期間目擊哥斯拉的恐龍專家真崎洋典（佐佐木勝?gòu)?飾）以及國(guó)家超科學(xué)研究中心成員三枝未希（小高惠美 飾）乘坐時(shí)光機(jī)返回1944年的拉哥斯小島，試圖將哥斯拉傳送到別的地方。
　　寺澤他們的行動(dòng)取得成功，但是20世紀(jì)卻出現(xiàn)了另一頭怪獸三頭金龍王。種種詭異事件的背后，可怕的危機(jī)遽然降臨……