雨果和父親大山生活在一個(gè)普通的小村莊里，但她卻去過一個(gè)不為人知的神奇之地，那里就是神秘世界。一個(gè)與人類世界平行的神奇空間，普通人進(jìn)入神秘世界，三天后就會(huì)變成動(dòng)物。傳說，是神創(chuàng)造了這個(gè)神奇的世界，每年會(huì)有99只動(dòng)物被選到這里，并成為族民，族長是一只奇怪的動(dòng)物，它叫啦啦，是雨果最好的朋友。
　　雨果自從記事后，就沒有見過自己的媽媽。大山告訴雨果，媽媽常年在外進(jìn)行科考工作。雨果非常想念媽媽，經(jīng)常給她寫信。一天，雨果突然發(fā)現(xiàn)，她寫給媽媽的信并沒有寄走，而是被大山藏了起來。雨果追問媽媽的下落，大山不得已說出了埋藏在心底多年的真相。原來，雨果的媽媽也曾經(jīng)發(fā)現(xiàn)過神秘世界。
　　為了尋找媽媽的下落，雨果和大山再次前往神秘世界。雨果的出現(xiàn)，為神秘世界帶來了一個(gè)充滿驚喜的早晨。雨果與神秘世界中的好朋友們?cè)俅沃胤?，族長啦啦的法術(shù)進(jìn)步神速，熊大叔暗戀上了功夫與美貌并存的原住民首領(lǐng)蘭。好朋友們正沉浸在重逢的喜悅中，一只瘋瘋癲癲的企鵝出現(xiàn)，它說神秘世界即將毀滅，因?yàn)橛幸恢粣糊堦J入了神的領(lǐng)地......