1992年，日政府在關(guān)西的筑波建立國際哥斯拉對策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—機械哥斯拉。以大前博士為首的考察團到達亞度諾亞島時，發(fā)現(xiàn)了一只完整無缺的蛋。當團員把蛋帶回京都時飛翼龍拿頓出現(xiàn)并攻擊考察團一行人。這時哥斯拉亦在亞度諾亞島出現(xiàn)，兩只怪獸由海上戰(zhàn)斗到陸上……