夜神月設(shè)計(jì)除掉了女友和跟蹤自己的FBI的探員，趁機(jī)混進(jìn)了調(diào)查本部，但是，L對(duì)他的懷疑并沒(méi)有結(jié)束，新一輪的智力游戲繼續(xù)進(jìn)行。月和L的頭腦對(duì)峙迎來(lái)了新的局面。借著“幫助ICPO逮捕Killer”的理由，月潛入了調(diào)查本部。這樣月就和對(duì)月虎視眈眈的L直接面對(duì)面的交鋒了。
但是，發(fā)生了月預(yù)想以外的事件，與死神硫克個(gè)性迥異的另一位死神雷姆也把自己的死亡筆記丟在了地球上，被一位崇拜Killer的小姑娘彌海砂撿到了。彌海砂主動(dòng)和夜神月聯(lián)系，答應(yīng)協(xié)助他除掉L，條件是讓月做自己的男朋友。彌海砂用自己一半的生命作代價(jià)取得了夜神月所沒(méi)有的特殊能力“死神之眼”，這個(gè)能力可以直接看到對(duì)方的時(shí)候就能知道對(duì)方的真名，是對(duì)付L的最強(qiáng)武器，所以月同意了和小姑娘合作。但是就在彌海砂寫(xiě)下L的真名前，聰明的L先發(fā)制人，將彌海砂作為基拉嫌疑犯關(guān)進(jìn)了Killer對(duì)策室，知道同伴被監(jiān)禁后，月也提出了將自己監(jiān)禁的要求，但是一切都是在月的計(jì)算之中。夜神月為了救彌海砂，想到了一個(gè)絕妙的辦法--放棄死亡筆記所有權(quán)。
同時(shí)，因?yàn)橹谱魃縿?dòng)性的跟蹤報(bào)道“Killer”事件而風(fēng)頭大勁的櫻花電視臺(tái)發(fā)生了一連出人意料的事情，主播高田清美追蹤Killer的過(guò)程中發(fā)現(xiàn)了不為人知的秘密，隨即第三名Killer出現(xiàn)了。兩個(gè)死神，兩本“死亡筆記”，三個(gè)Killer，一切撲朔迷離。死亡筆記的規(guī)則被公布于眾，兩個(gè)天才的頭腦斗智也在一個(gè)一個(gè)預(yù)想之外的事件中展開(kāi)。